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    5hmC或(huò)成为2型糖(táng)尿(niào)病(bìng)血(xuè)管并发症临床(chuáng)监控的(de)重要标志物

    source:TIME:2019-10-01 08:00:00分享(xiǎng)到(dào):

    2019年10月1日,5-羟甲(jiǎ)基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病研究领域取得重要进展。2型(xíng)糖尿病(T2D)的血管并发(fā)症是导(dǎo)致(zhì)2型(xíng)糖尿(niào)病致残致死(sǐ)的(de)重要病(bìng)因(yīn),一直(zhí)缺乏一种(zhǒng)无创(chuàng)便捷的临床途(tú)径实现血管并(bìng)发症的发生发展监(jiān)测,达到(dào)早发现、早(zǎo)干(gàn)预,以(yǐ)提高T2D病(bìng)人(rén)的整体生活质量,减少(shǎo)卫生经(jīng)济(jì)负担(dān)。


    该(gāi)研究入组(zǔ)了62例2型糖尿病病人,采用(yòng)5hmC-Seal技(jì)术对血浆cfDNA中表观遗传(chuán)标志物5hmC的分布情况进行(háng)检测,分析(xī)5hmC标志物与2型(xíng)糖(táng)尿病血管并发症发(fā)生发展的(de)相关性。结果表(biǎo)明5hmC标志物的变化与T2D合并大血管/微(wēi)血(xuè)管事件具有(yǒu)相(xiàng)关性,主要涉及一些与血管生物学和糖尿病(包(bāo)括胰岛(dǎo)素(sù)耐(nài)受和炎症(zhèng)反应)相关的基(jī)因和信号通路。该研究建立的16个基因-5hmC标志物组合检测可以准确区分有并发症和无并发症的2型(xíng)糖尿病病人(rén)[实(shí)验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显(xiǎn)优(yōu)于传(chuán)统临(lín)床(chuáng)变量例如白(bái)蛋白尿。除此之外,还(hái)建(jiàn)立了13个基因-5hmC标志物组合(hé)检测,可以进一步区分T2D合(hé)并单一并(bìng)发症和多种(zhǒng)并发(fā)症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优于其(qí)他传统临床(chuáng)变量(liàng)。该研(yán)究得出结论,5hmC标(biāo)志物反映了T2D病人大(dà)血管/微血管并发症发生(shēng)过程中的表(biǎo)观遗传变化,因而5hmC-Seal检(jiǎn)测(cè)技术在监测糖尿病血管并发(fā)症发生(shēng)和进展方面具有良好的临床应用前景(jǐng)。


    试(shì)验设计



    本研究共(gòng)纳入62例2型糖尿病病(bìng)人,包括没有血(xuè)管并(bìng)发症(zhèng)的病人(rén)12例,有单一血管并发症的病人(rén)34例(24例发生大(dà)血管事件,10例发生微血管事件),以及有多种血管并发症的病人(rén)16例。试验收集62例病(bìng)人血浆,提取cfDNA,利用(yòng)5hmC-Seal技术捕获外(wài)周血cfDNA中的5hmC序列,进行二代测序(xù),通过生物信息学分析找出并发(fā)症组(zǔ)与无并发症(zhèng)组之间有显著5hmC修饰(shì)差(chà)异的基因,单一并发症组和多(duō)种并发症(zhèng)组之间有显著5hmC修饰差(chà)异的基因(yīn)。随后利用(yòng)回(huí)归模型对(duì)差异基因进一步筛选、优化(huà),弹性网络进一(yī)步(bù)筛选,计算(suàn)加权平均分,最(zuì)后得到一组具有高度灵敏度和(hé)特(tè)异性的5hmC生物标记物,并进一步在实验组中验证,分析其(qí)灵敏度和特异性。并将新建立的5hmC标志物基因组合的检测性能与传(chuán)统临床变(biàn)量进行(háng)对比分析(xī)。最后对(duì)相(xiàng)关(guān)基因(yīn)进行了信号通路分析和(hé)功能探(tàn)究(jiū)。



    研究结果


    5hmC修(xiū)饰水平与血管并发(fā)症具有相关性


    利(lì)用逻辑回归(guī)模(mó)型对(duì)62例有(yǒu)并发症(zhèng)和无并发症2型(xíng)糖尿病病人的5hmC差(chà)异水平进行分析发现,有并发(fā)症2型(xíng)糖尿病病(bìng)人(rén)的622个差异修饰候(hòu)选基因(yīn)(包括上(shàng)调和下调基因(yīn))的归一(yī)化平均(jun1)数要(yào)明显(xiǎn)高于无并发症的病人(P<0.001),但是单一并(bìng)发(fā)症和多发(fā)并(bìng)发症病人之间没有显著差异(yì)。

    之后将有单(dān)一并(bìng)发症或多(duō)种并发症(zhèng)的(de)50例病人用(yòng)逻辑(jí)回归模型进(jìn)行了对比,发现多种并发症的病人的153个差异(yì)修饰候(hòu)选(xuǎn)基(jī)因(包括上(shàng)调和下调基(jī)因)的归(guī)一(yī)化平(píng)均数要低于无并(bìng)发症病(bìng)人(P<0.001)。


    5hmC标志物(wù)可(kě)区(qū)分有无并发症患(huàn)者


    62例(lì)2型糖尿病病人被随(suí)机(jī)分成训练组(zǔ)(n=31)和测试(shì)组(n=31)。利用弹性网络筛(shāi)选后发(fā)现,16基因-5hmC标志物组(zǔ)合检测可以用(yòng)于区分有并发(fā)症和无并(bìng)发症的2型糖尿病病人。


    基于16基因组合模型 (Detection Model 1) 的加(jiā)权平均分(fèn)分(fèn)析,发(fā)现无(wú)并(bìng)发症病人的分(fèn)数在训练集和测试集中都明显低于(yú)有并发症的病人。只考虑加权平均分的(de)话(huà),受试者工作特征曲线(ROC)分析表明将cutoff值(zhí)设(shè)置成0.5时,在测试组(zǔ)中中(zhōng)的(de)灵敏度为60%,特异性为100%。



    5hmC标志(zhì)物可区分病人是单一并(bìng)发症还是多种并发症


    50例有并(bìng)发症的(de)2型糖尿(niào)病(bìng)病人被随机分(fèn)成训练组(n=25)和测试组(n=25)。利用弹性网络(luò)筛选后发现,13基因-5hmC标志物组合可(kě)以区分2型(xíng)糖尿病病人是否发生单一并发(fā)症或多种(zhǒng)并发症。


    基于13基因组合(hé)模型 (Detection Model 2), 我们计算(suàn)了单一并发症和多(duō)种并发症的加权平均分,发(fā)现在训练集和测试集中单(dān)一并发(fā)症和多(duō)种并发症病人的分数都有(yǒu)明(míng)显差异。值(zhí)得一(yī)提的(de)是,有(yǒu)肾病并发症和无肾病并(bìng)发症(zhèng)病人的分数也有(yǒu)明(míng)显差异。利用加权平(píng)均(jun1)分作为判断标准(zhǔn)的受试者(zhě)工作特(tè)征曲线(ROC)表(biǎo)明,在(zài)测试(shì)组(zǔ)中当将cutoff值设成0.69时,灵敏度为87.5%,特异性为(wéi)68.8%。



    5hmC标志物与(yǔ)传统临床变量/危险因子的对比


    我们(men)评估(gū)了不同临床变量/危(wēi)险因子用(yòng)于监测(cè)血管(guǎn)并发症的灵敏(mǐn)度和(hé)特异性(见表1)。

    总体来说,结(jié)果表明一些临床(chuáng)变量(如尿液白蛋白、血清ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白a)虽然具(jù)有一定的灵敏度和特异性,但是整体准确度仍然差强人(rén)意,因(yīn)此临床需要更加准(zhǔn)确的方法(fǎ)。另外,我们(men)还在训练组中建立5hmC和不同临床变量的(de)多变量组合模型进行评估,该模型(xíng)加权平均分(fèn)的AUC要明显(xiǎn)大于(yú)传统(tǒng)临床变(biàn)量的(de)AUC。若将这些(xiē)临床变(biàn)量与加权平(píng)均分进行结合,AUC也将进一步提高(gāo)。因此,该多变量(liàng)模(mó)型表明加权(quán)平均(jun1)分可作为(wéi)一个独立的指(zhǐ)标用于监测2型糖(táng)尿病血管并发症。

    信号通路(lù)分(fèn)析和功能探究


    有(yǒu)并发症和无并发症病(bìng)人的135个差异(yì)候选(xuǎn)基因(yīn)的功能注释分析表明,这些基因主要富(fù)集在一(yī)些经典(diǎn)的信号通路。错(cuò)误发现率相关P值位于前10%和基因(yīn)数目≥3的信号通路包括由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导(dǎo)的信号通路。由IGF1R和IL-10介导的信号通路与胰岛素(sù)抵抗及炎(yán)症反应相(xiàng)关,在血管生物学和糖尿(niào)病(bìng)发生发展过程(chéng)中(zhōng)发挥重要作用。

    Reactome相互作用(yòng)网络的中心表明,泛素编码基因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素A-52亚基核糖体蛋白融(róng)合产物1(UBA52)]是候选基因(如(rú)SMAD3FOXD2DRAP1MCIDASMLNPIANPTBCC)的重(chóng)要连接者。在这135个差(chà)异候选基因中, 一些(xiē)基因 (如TNFRSF25P=0.027, HR=6.25; MLNP=0.0021, HR=20.40; CCL3L1P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病(bìng)病程相关的倾向(xiàng),表明5hmC和糖尿病血管并发(fā)症之(zhī)间可能存(cún)在(zài)时间依赖性的(de)相互作用。基于纵向时(shí)间队列(liè)的大样本研究,将可进一步明确5hmC变化和糖尿病(bìng)持续(xù)时间之(zhī)间(jiān)的动态关联。关于(yú)单一(yī)并(bìng)发症(zhèng)和多种(zhǒng)并发症(zhèng)病人的159个候选标志基因的功(gōng)能注释(shì)研究发现,存在细胞-细胞连接、胶原蛋(dàn)白形成、新陈代谢、细(xì)胞应(yīng)激应答信号通(tōng)路的富集,这些信号(hào)通路均(jun1)与细胞基本功能(néng)密切(qiē)相关。


    研究(jiū)意义



    血(xuè)管并(bìng)发(fā)症(zhèng)是三分(fèn)之二(èr)糖尿病病人的死亡(wáng)原因,若能(néng)及早(zǎo)有效控制血管(guǎn)并发症的发生,将(jiāng)极大地改善糖尿(niào)病(bìng)病(bìng)人的(de)生存质(zhì)量。该(gāi)研究建立了一种利用cfDNA进(jìn)行2型糖(táng)尿病(bìng)血管并发症(zhèng)监测的无创(chuàng)便捷(jié)方法,较目前临床标志物能(néng)更准确(què)地监控血(xuè)管并发症的发(fā)生,从而提示临床及(jí)早采取应(yīng)对措施,有效(xiào)控制病(bìng)情进展。



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